Stikes IST Buton didirikan dibawah badan penyelenggara Yayasan Haji Abdul Rahman di Kota Baubau dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor :176/D/0/2009 tanggal 16 Oktober 2009 dengan membuka beberapa program Studi S1 Kesehatan Masyarakat, S1 Keperawatan, dan Diploma III kebidanan.

Dalam perjalanannya dan perkembangan masyarakat yang begitu pesat dalam berbagai aspek kehidupan sebagai dampak dari meningkatnya kebutuhan hidup, pembangunan dan globalisasi, terutama dalam kebutuhan Pendidikan tinggi dibidang Kesehatan, Maka Stikes IST Buton dituntut untuk dapat semakin efektif dan efisien dalam mengelola sumber daya yang dimiliki, sehingga pada tahun 2014 Stikes IST Buton membuka Program Studi Profesi NERS dalam Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No:288//E/0/2014.

Sistem pengelolaan perguruan tinggi harus memiliki kemampuan profesional yang dapat mengintegrasikan kemampuan antisipatif pada kondisi saat ini dan masa datang dengan kemampuan pengelolaan untuk merencanakan dan mengimplementasikan program-program, sehingga sasaran dan tujuan perguruan tinggi dapat tercapai. Salah satu sistem pengelolaan yang profesional ini adalah struktur organisasi yang mempuni, yang mampu bergerak cepat dalam memberikan layanan terhadap kebutuhan mahasiswa, cepat tanggap terhadap dinamika dan perubahan eksternal yang sangat kompleks dan tuntutan industri yang semakin spesifik. Disisi lain keberadaan kampus juga harus mampu memberikan perubahan bagi kesejahteraan masyarakat secara luas dan tidak dipungkiri lulusan perguruan tinggi harus memiliki wawasan yang luas dan kemampuan mandiri dalam membangun daerahnya dibidang kesehatan khususnya dan dalam membangun bangsa umumnya.